Después de 320 años en tierras de Extremo Oriente y con un balance de 2.694 religiosos, el período colonial misionero desaparece y tras siete años de inestabilidad tiene lugar, en noviembre de 1905, el primer Capítulo provincial, celebrado en La Puebla de Montalbán (Toledo). Era Ministro Fernando Sánchez; vicario Mariano Rojo, y definidores: Gabriel Casanova, Juan Paniagua, Melitón García-Conde y Jorge Fernández-Trujillo. Por aquella época, Gabriel Casanova escribió apostillando, con dolor y esperanza: "Capí tulo nº 122, primero en su propia patria".
Sobre las bases de los Colegios Misionales (Pastrana, Consuegra, La Puebla de Montalbán, Arenas de San Pedro y Almagro) se levanta una nueva Provincia en la Península, con un espectacular crecimiento de fundaciones: Belmonte, Almansa, Mayorga de Campos, Béjar, Quintanar de la Orden, San Joaquín de Abiego, más Avila, Segovia, Santi Quaranta en Roma, y Guadalajara, sede de la Curia Provincial.
En Filipinas se establecía una "Comisaría Provincial" para atender a los 44 religiosos librados de la repatriación, siendo su primer Comisario Indalecio Casero.
De los 470 religiosos que contaba la Provincia en 1898, sólo se incorporaron a la Península 323, desapareciendo 147 en fracasados intentos de supervivencia, sobretodo por Hispanoamérica. Gabriel Casanova terminaba así su relato histórico: "A singular beneficio de Dios hay que atribuir que esta gloriosa Provincia, madre fecunda de mártires y de santos, no haya sido arrasada desde sus cimientos: misericordia Domini quia non sumus consumpti".
Mas apenas llevaba la nueva Provincia una treintena de años en España, la persecución marxista que se inició con la II República (1931), que se prolongaría hasta el final de la guerra civil (1939), echaba por los suelos cuanto se había levantado y sostenido en el primer tercio de siglo. La Provincia de San Gregorio que en 1905 describiera Gabriel Casanova, con 323 religiosos y 15 residencias peninsulares, era apenas una sombra comparada con la que figuraba en el Capítulo provincial del 19 de septiembre de 1940, en Madrid: 143 religiosos (93 en España, 50 en Filipinas) y sólo 10 residencias en total, clausurándose las de Almagro, Belmonte, Almansa, Mayorga de Campos, Béjar y Quintanar de la Orden.
Si se toma como punto de referencia los 267 religiosos existentes en el año 1934, la persecución marxista arroja un saldo de 124 víctimas, 73 de ellos martirizados y el resto desaparecidos, secularizados y muertos por efectos de la guerra. Entre los martirizados figuran 36 sacerdotes, 22 filósofos y teólogos, y 15 hermanos laicos.
Cinco años más tarde (1945), la segunda guerra mundial ahora en el mismo solar de la Comisaría, dejaba otra inmensa herida con la desaparición de San Francisco de Manila, con 400 años de historia, destruída por el bombardeo norteamericano, más la muerte por ametrallamiento de los religiosos Salvador Rodríguez, Justo Villalba, Guillermo Ibeas, Mariano Pérez, Julio Martín, Doroteo de la Vega, Manuel Moral, Tomás López, con los filipinos Isaac Cano y Pedro Gesete.
